フィリピンで法人を運営するうえで、税務の中核に位置するのがValue Added Tax（VAT、付加価値税）です。税率・証憑要件・申告手続きのいずれも実務上の影響が大きく、誤った対応が後の税務調査でリスクになることも少なくありません。フィリピンの税務において最重要税目であることは間違いありません（法人税とは比べものにならないリスクレベルです）。
本記事では、VATの基本的な仕組みから証憑管理・超過Input VATの処理まで、日系企業の担当者が押さえておくべき論点を順に説明します。
VATとは
VATは日本の消費税に相当する間接税で、モノやサービスの取引・輸入など、幅広い経済活動に課されます。標準税率は12%で、要件を満たす場合にはZero-Rated（0%）またはExemption（免税）が適用されます。
フィリピンで法人（支店・駐在員事務所含む）を設立すると、BIR（Bureau of Internal Revenue、内国歳入庁）への登録時に「VAT登録事業者」か「Non-VAT事業者」かを選択することになります。
VAT登録事業者
今後12か月の総売上見込みが300万ペソを超える場合に強制登録となります。個人事業主や超零細企業でない通常の法人であれば、ほぼ全てがこの区分に該当します。VAT登録事業者は四半期ごとのVAT申告・納税義務を負います。
Non-VAT事業者
売上見込みが300万ペソ以下の個人事業主・超零細企業、または売上が発生しない駐在員事務所などが該当します。個人事業主・超零細企業がNon-VAT事業者を選択する場合は、VATの代わりにPercentage Tax（パーセンテージ税）の申告・納税が必要になります。駐在員事務所は売上が発生しないため、パーセンテージ税の負担もありません。
パーセンテージ税に関する詳細はこちら
VATの仕組み
VATは最終的には消費者が負担する税金ですが、サプライチェーン上の各事業者が取引のたびに一旦預かって申告・納税する間接税の構造をとっています。計算の基本式は以下のとおりです。
VAT納税額 = Output VAT – Input VAT
Output VAT（仮受VAT）とは、自社が商品やサービスを販売した際に顧客から預かったVATで、日本の仮受消費税に相当します。Input VAT（仮払VAT）とは、自社が仕入・経費（家賃、光熱費、備品購入など）を支払った際にサプライヤーに支払ったVATで、日本の仮払消費税に相当します。仕組みを理解するために、シンプルな例で見てみます。
- 仕入時：₱50で材料を仕入れ、VAT12% = ₱6を支払う（Input VAT）
- 販売時：₱100で販売し、VAT12% = ₱12を預かる（Output VAT）
- 納税額の計算：預かったOutput VATの₱12から、支払ったInput VATの₱6を差し引いて、差額の₱6が納税額となる
この例では、仕入と販売の差額は₱50で、この会社は₱50の付加価値を付けて販売したことになります。₱50 × VAT12% = ₱6となり、上記で計算した納税額と一致します。故に「Value Added Tax（付加価値税）」と命名されています。
VATの申告・納税
申告・納税期限
VATは四半期末ごとに申告・納税します。期限は各四半期終了後25日で、例えば6月末に終わる四半期（4〜6月）であれば7月25日が期限です。申告書式はBIR Form 2550Qを使用します。
かつては月次での申告・納税が義務付けられていましたが、Ease of Paying Taxes Act（EOPT法、納税容易化法）が2024年に施行され、四半期申告のみへの一本化が認められました（任意で月次申告を継続することも可能です）。
Summary List of Sales and Purchases（SLSP）
VATの申告に際して、BIR Form 2550Qと並んでSummary List of Sales and Purchases（SLSP）の提出も求められます。BIR Form 2550Qが四半期の合計額・納税額を記載した申告書であるのに対し、SLSPは販売・仕入の取引明細データです。取引相手の会社名・TIN（納税者番号）・取引額・VAT額・適用税率を1件ずつ記載し、BIRの専用システムでDATファイルを作成・Validation（有効化）したうえでメール送信します。工数がかかる作業ですが、VAT申告において欠かせない手続きです。
Invoice制度と証憑
正規証憑としての「Invoice」
VATの実務で最も重要なのが証憑の管理です。Input VATをOutput VATから控除するには、BIRが定める形式要件を満たした証憑が必要です。EOPT法の施行により、現在はBIR認定のInvoice（請求書）のみがPrimary/Principal Document（正規証憑）として位置付けられています。
具体的には、Service Invoice・Sales Invoice・Billing Invoiceなど名称は様々あって構いませんが、「Invoice」という文言が必ず含まれていることが絶対要件です。会計システムやExcelから生成した請求書、Billing Statement・Statement of Accountといった独自名称の書類は正規証憑として認められません。プロバイダーからそれらが発行された場合は、BIR認定のInvoiceへの差し替えを求めてください。なお書類上に「This document is not valid for claim of input tax」と記載がある場合も、Input VATの控除には使用できません。
Invoiceへの必須記載事項
InvoiceにはInput VATの控除要件を満たすために、以下の事項が漏れなく記載されている必要があります。売り手の情報は通常印字済みのため、買い手・取引情報を追記してもらう形になります。不備があると正規証憑として認められない可能性があるため、受取時に確認する習慣をつけることを推奨します。
- 買い手の会社名
- 買い手のTIN
- 買い手の登録住所
- 取引日
- 取引金額（VAT12％対象の金額、0%対象の金額、免税の金額をそれぞれ分けて記載）
- 取引数量・単価・小計
- VAT金額
- 取引の概要（販売内容）
Official Receiptの位置づけ
EOPT法施行前は、サービス取引においてはOfficial Receipt（公式領収書、通称OR）が正規証憑として機能していました。その慣習が残っているため、「ORさえあれば問題ない」と認識している方は今でも少なくありません（フィリピンでのビジネス経験が長い方ほどその傾向があります）。しかしEOPT法により、ORはPrimary/Principal Documentからの地位を失い、現在はSupplementary Document（補助証憑）に格下げされています。金銭の受領を示す書類としてビジネス上の機能は引き続き持ちますが、Input VATの控除にはORだけでは不十分です。必ずInvoiceを取得するよう徹底してください。
Zero-Rated VATとExemption
標準の12%以外に、Zero-Rated VAT（VAT0%）とExemption（免税）も実務上頻繁に登場します。どちらも実質的にVATが発生しない点では共通していますが、Input VATの処理において大きな違いがあります。
Zero-Rated VAT（VAT0%）
VAT自体はかかっているものの、その税率が0%の取引で、代表例は以下のとおりです。これらの販売を生み出すための仕入に要したInput VATは、Output VATからの控除や還付請求の対象になるため、「資産」として取り扱われます。
- 輸出販売（フィリピン国外への物品・サービスの販売）
- PEZA等の登録企業、輸出型企業に対する販売
- 再生可能エネルギー発電事業者等への販売
Exemption（免税）
そもそもVATの課税対象に含まれない取引で、代表例は以下のとおりです。これらの販売を生み出すための仕入に要したInput VATは、Output VATからの控除や還付請求の対象にならないため、資産ではなく原価の一部として取り扱われます。なおPEZA等の登録登録企業、輸出型企業の立場から見ると、「国内仕入であればVAT0%」、「輸入であればVAT免除」という違いがある点にご留意ください。
- PEZA等の登録企業、輸出型企業による輸入
- 農産物、水産物（加工されていないもの）の販売
- 教育機関（学校）の授業料
- 居住用住宅の賃貸（一定基準以下の低額のもの）
- 高齢者や障害者への特定商品の販売
- 年間売上が300万ペソ以下の小規模事業者の売上
デジタルサービスに係るVAT
2024年10月2日に成立したRA 12023（VAT on Digital Services Law、デジタルサービスVAT法）により、非居住者が提供するデジタルサービスにVAT12%が課されることになりました。従来も課税が明確に免除されていたわけではないのですが、法的な曖昧さが残ったまま実質的にVATが課されていない状態が続いており、税収確保の機会損失とフィリピン国内デジタルサービスの価格競争力低下が問題として指摘されていました。これを解消するために本法が制定され、実施規則（IRR）の施行を経て2025年6月2日からVAT課税が開始されています。
課税対象となるデジタルサービスとして、クラウドサービス、オンラインマーケットプレイス、オンライン広告、オンラインプラットフォーム、デジタルコンテンツなどが挙げられています。Microsoft 365やGoogle Workspaceといったクラウドサービスを非居住法人から契約しているフィリピン法人は、多くの場合この制度の影響を受けます。
買い手がフィリピン国内の事業者（B to B）か一般消費者（B to C）かによって納税方法が異なります。B to Bの場合はリバースチャージ方式が適用され、サービスの代金を支払うフィリピン国内事業者が自らVAT12%分をBIRに申告・納税する義務を負います。一方B to Cの場合は、売り手である非居住法人がBIR登録を行ったうえで納税する仕組みです。
日系企業にとっても対岸の火事ではありません。フィリピン法人として非居住者からデジタルサービスを受けている場合は申告・納税の義務が生じる可能性があり、また日本法人がフィリピンの一般消費者向けにデジタルサービスを提供している場合も対応が求められます。制度の詳細・申告手続き・実務上の留意点については、別記事「国外からのデジタルサービスに係るVAT」で詳しく解説しています。
超過Input VATの繰り越しと還付申請
投資が先行する立ち上げ期、慢性的な赤字状態、PEZA等登録企業や輸出型企業への0%VAT売上が大部分を占める場合など、Input VATがOutput VATを上回るケースは決して珍しくありません。この消化しきれなかったInput VATをExcess Input VAT（超過Input VAT）と呼びます。処理方法は翌期への繰り越しと還付申請の2種類があります。
翌期への繰り越し（Carry-over）
最も一般的な方法です。超過Input VATを「資産」として帳簿に計上し、翌期以降にOutput VATが発生した際に相殺することでVAT納税額を抑えます。無期限に繰り越せるうえ、特別な手続きも不要です。一時的な投資先行や短期の赤字であれば、繰り越しで十分に対処できます。
問題は、翌期以降も構造的に超過Input VATが発生し続けるケースです。0%VAT売上が大半を占める輸出型事業や、慢性的な赤字が続く事業では、相殺の機会がないまま超過Input VATが積み上がる一方となります。そのような状況では、後述する①還付申請や、②PEZA登録外企業（標準課税企業）への販売拡大によるOutput VAT獲得、あるいは③自社も輸出型企業としてInput VATの発生を抑制、といった対応が選択肢になります。
還付申請（Refund Application）
超過Input VATをBIRから直接返還してもらう方法です。Input VATはあくまで仮払いであり、Output VATとの相殺に使えないのであれば理論上は還付されるべきものです。しかし現実には、還付申請のハードルは非常に高く、安易に推奨できる手段ではありません。
還付申請を行うと、BIRによる税務調査が実施されます。本来は対象がVATに限られるはずですが、これをきっかけとして法人税・源泉税・フリンジベネフィット税など他の税目にも調査が波及するケースが多くあります。VATの調査においても、Invoice等の証憑の完全性が精査されます。不備があれば該当分は還付申請が否認され、最終的に認められた金額のみが還付対象となります。
還付には現金還付とTax Credit Certificate（TCC、税控除証書）の2種類があります。TCCはBIRにとって即時の現金支出を伴わないため、現金還付より申請が通りやすいとも言われています。なお還付申請はVATの四半期申告終了から2年以内に行う必要があり、期限を過ぎると受け付けてもらえません。数年分をまとめて申請するのではなく、一定の頻度で対応を進める必要があります。
還付申請の要否を判断する際には、以下の3点を事前に整理することを推奨します。
還付見込額
上述のとおり、証憑類に不備がある場合は還付申請が否認され、部分的な還付の実現にとどまります。自社の証憑類がどの程度整備されているかを確認し、現実的にどの程度の還付が見込めそうかを見積るのが望ましいです。実際に還付申請をしてみないことには分かりませんが、ある程度の目星だけでも付けないことには、検討ができません。
事務コスト
還付申請および税務調査対応には、膨大な労力を要します。社内の担当者・経営陣は多くの時間を割かざるを得ず、事務コストは相当なものとなりますので、概算でも構わないので見込んでおく必要があります。
外部委託コスト
還付申請および税務調査対応は専門的な内容となるため、自社の社員のみで対応することは現実的に不可能です。必然的に外部の専門家に委託することになりますが、高度かつスポットの委託のため、依頼を受け付け可能な専門家も限られます。例えば税務に強い弁護士事務所の場合、①着手金、②タイムチャージ、③成功報酬（還付実現額の一定比率）などの構成で業務報酬が設定され、数十万ペソが下限となるケースが一般的です。
上記を総合的に考慮し、本当に還付申請をすべきか検討することになります。事前の検証が疎かになると、「還付をしたのにコストの方が高くついた」ということも発生しかねません。様々な意見があるところではありますが、還付申請の対象となる超過Input VATが100万ペソに満たない場合は、議論の余地もなく還付申請すべきではないという判断になろうかと思います。数百万ペソ規模の超過Input VATがあって初めて、検討価値があるレベルといった具合です。
おわりに
VATはフィリピンの税務の中でも影響範囲が広く、証憑管理・申告実務・超過Input VATの処理など、細かな論点が数多くあります。特にEOPT法によるInvoice制度の改正や、デジタルサービスに係るVATの施行など、近年だけでも実務上の対応を迫る変化が続いています。正確な理解と日常的な証憑管理が、後の税務調査リスクを下げることに直結します。VAT実務に関するご相談は、弊社までお気軽にお問い合わせください。